1、用于简易计税办法、非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务。营改增后带来了非应税项目的调整，非增值税应税项目，是指提供非应税服务、销售不动产和不动产在建工程等。
2、非正常损失的购进货物及相关的应税劳务，其进项税额不得抵扣。所称非正常损失，是指：（1）因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失；（2）被执法部门依法没收或者强令自行销毁的货物。非正常损失货物在增值税中不得扣除（需进项税额转出）；在所得税中，需将转出的进项税额计入损失（“营业外支出”），在企业所得税前扣除 .
3、非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务。营改增后应税劳务内涵有所扩大，增加了交通运输业、邮政业、部分现代服务业等。
4、接受的旅客运输服务。一般纳税人接受的旅客运输劳务不得从销项税额中抵扣进项税。
5、与非正常损失购进货物、与在产品、产成品所耗用的购进货物相关的交通运输业服务。
对于不得从销项税额中抵扣的进项税额的情况，实务中应该分类进行处理：
1、购入时进项税额直接计人购货的成本。
例1、某企业（增值税一般纳税人）购入一批材料用于不动产在建工程，增值税专用发票注明的金额200000元，税额34000元，该企业不得抵扣增值税进项税额，直接计入该批材科的采购成本共234000元。
2、已抵扣进项税额后改变用途、发生非正常损失、出口不得免征和抵扣税额时，应作进项税额转出处理。
进项税额转出有常见的三种转出方法，即直接计算转出法、还原计算转出法和比例计算转出法。
第一、直接计算进项税额转出的方法。适用于外购材料的非正常损失、改变用途等。
例2、某企业（增值税一般纳税人）将数月前外购的一批生产用材料改变用途，用于集体福利。账面成本10000元，则需要作进项税额转出=10000×17%=1700（元）。
第二、还原计算进项税额转出的方法。适用于计算抵扣进项税额的农产品发生非正常损失、改变用途等。
例3、实木地板生产企业为增值税一般纳税人，2015年10月末盘库时发现因管理不善，上月已经抵扣进项税额的原木被盗400立方米。该原木购自林场，损失成本29.7万元（其中运输费2.7万元）。进项税额转出＝（29.7－2.7）÷（1-13%）×13% ＋ 2.7×11% ＝4.33（万元）
例4、某白酒生产企业为增值税一般纳税人，本月外购食用酒精200吨，每吨不含税价8000元，取得的增值税专用发票上注明的金额1600000元、税额272000元；取得的运输业增值税专用发票上注明的不含税运费金额50000元；取得的增值税专用发票上注明的不含税装卸费金额30000元。月末盘存时发现，由于管理不善当月购进的酒精被盗5吨，经主管税务机关确认作为损失转营业外支出处理。
营改增后，一般纳税人提供交通运输服务增值税税率为11%，提供装卸等现代服务业服务增值税税率为6%。
损失酒精转出进项税额＝5×8000×17%＋50000×11%÷200×5＋30000×6%÷200×5＝6800＋137.5＋45＝6982.5（元）
第三、比例计算进项税额转出的方法，适用于半成品、产成品的非正常损失。
例5、某服装厂（增值税一般纳税人）外购的比例60%，2015年6月因管理不善丢失一批账面成本20000元的成衣，将非正常损失中的外购比例部分对应的进项税额作转出处理，其需要转出进项税额＝20000×60%×17%=2040（元）。
3、平销返利的返还收人，冲减进项税额。商业企业向供货方收取的凡与商品销售量，销售额挂钩（如以一定比例、金额、数量计算）的各种返还收人，均应按照平销返利行为的有关规定冲减当期增值税进项税税额。
当期应冲减进项税额=当期取得的返还资金÷（1+所购货物适用增值税税率）×所购货物适用增值税税率
例6、某商场受托代销某服装厂服装。当月销售代销服装取得零售额500000元。平价与服装厂结算，并按合同收取服装厂代销额20%的返还收入100000元，商场、服装厂均为增值税一般纳税人，则当期应冲减进项税额=100000÷（1+17%）×17%=14529.9（元）
